Hecho prisionero por los realistas, es fusilado el 3 de Febrero de 1814 en la ciudad de Valladolid hoy Morelia.Fue el segundo de Morelos, y esto solo basta para dar idea de su capacidad, de su genio y de su patriotismo, pues el héroe del Sur sabía escoger a sus hombres y elevarlos según sus méritos, aun cuando no hubiesen tenido ocasión de darlos a conocer todavía. A él lo puso sobre toda esa pléyade de generales improvisados que tan bien supieron secundar los proyectos del caudillo y que hicieron estremecer en su Palacio al Virrey, a pesar del poder que ejercía y de los elementos que en tres siglos de no disputada dominación había acumulado el gobierno español.

Se ignora la fecha y el lugar del nacimiento de Matamoros, pues no ha sido posible encontrar dato alguno, si bien no se han buscado con la solicitud que se debiera. La historia lo encuentra en 1811 en su Curato de Jantetelco, perteneciente al Arzobispado de México, pero no obstante esto, creemos que cuando se disipen las nubes que cubren los primeros años de su vida, se sabrá que fue originario del Obispado de Michoacán, habiendo nacido por los años de 1770 a 1776; si ha de juzgarse por lo que fue después, no es aventurado afirmar que sus estudios fueron brillantes y acaso hechos en el colegio de San Nicolás, de Valladolid, casi al mismo tiempo, o un poco antes, que los del mismo Morelos, pues se ha averiguado ya que ambos se conocían antes de 1810, y que Hidalgo también conocía a Matamoros. En la carta a que hicimos referencia en la biografía de Morelos, se habla del Cura interino de Jantetelco, diciéndose que estuvo en Dolores a visitar al iniciador de la Independencia, y que se fue muy entusiasmado y a disponerse para la gran función, o sea para empezar la revolución, el 29 de octubre de 1810, como estaba convenido. Ignoramos qué vicisitudes de fortuna fueron las que llevaron a Matamoros al Curato de Jantetelco, pueblecillo casi perdido en las últimas estribaciones de la Sierra Nevada, y tan distante de la provincia de Michoacán.

Sea de esto lo que fuere, inútil es perder el tiempo en hacer suposiciones, por lo que nos atendremos a lo que ya está averiguado. Matamoros era de los conspiradores de 1810, y si no se lanzó a la revolución al tener noticia del grito de Dolores, debe haber sido porque aún no contaba con los elementos suficientes para ello, y porque ese grito se adelantó; sabedor desde su Curato de los primeros pasos de la revolución, no pudo, como Morelos, ir en busca de Hidalgo, y permaneció en observación de los acontecimientos, que no tardaron en ser adversos para la causa con la dispersión de Aculco. Sin embargo, no ocultaba sus inclinaciones y simpatías en favor de la Independencia y nada más esperaba una oportunidad para unirse a ellos; esas inclinaciones fueron causa de que los Comandantes realistas lo molestasen continuamente y, por último, de que Roca fuese decidido a prenderlo; Matamoros no lo esperó, sino que dejando su Curato al saber la aproximación de Morelos, caminó rápidamente hacia Izúcar, y el 16 de diciembre de 1811 se le presentó; como ya se conocían, el segundo empezó inmediatamente a utilizar sus servicios y no lo tuvo como a Bravo, bastante tiempo de subalterno, sino que a los muy pocos días le dio el grado de Coronel, medida que causó algunos celos entre los demás jefes insurgentes.

Después de permanecer algunos días al lado de Morelos en la excursión a Taxco, estuvo en las acciones de Tecualoya y Tenancingo, en la última de las cuales entró en fuego mandando una sección, y donde obtuvo su grado de Coronel; el 9 de febrero de 1812, que entraron los insurgentes en Cuautla ya mandaba una parte del ejército, y el 19, día del ataque de Calleja, manda en la Hacienda de Buenavista, en unión de don Víctor Bravo, y cuando se formalizó el sitio quedó en el mismo lugar. Como empezaran a escasear los víveres, a pesar de los esfuerzos hechos por los insurgentes de afuera para introducirlos, fue enviado Matamoros, llevando a sus órdenes al Coronel Perdiz, cerca de don Miguel Bravo para intentar la entrada de un convoy: la noche del 21 de abril rompieron el sitio por el punto de Santa Inés: Perdiz murió, pero el ex cura de Jantetelco consiguió llegar a Ocuituco y a la barranca de Tlayacac, donde Bravo tenía sus provisiones, y ambos se dirigieron a la Barranca Hedionda en la madrugada del 27, y con gran brío atacaron el campamento de Llano, mientras otro Cuerpo atacaba el de Calleja y los sitiados hacían una vigorosa salida; el Batallón de Lobera fue desbaratado, pero la nueva batería de Amelcingo rechazó a los asaltantes y la combinación se frustró, con lo que la plaza no pudo ser socorrida, y Morelos decidió abandonarla.

En Chiautla se unió a Morelos con la escasa gente que mandaba, y de ahí pasó a Santa Clara, donde se ocupó de organizar su tropa; a fines de junio llegó a Izúcar, donde tuvo conocimiento del bando publicado el 25 de junio en el cual el Virrey desaforaba a los eclesiásticos que tomaran parte en la revolución; para demostrar Matamoros que los insurgentes no vulneraban los derechos de esos eclesiásticos, al Regimiento de Dragones que organizó, le dio el nombre de Apóstol San Pedro y le asignó por bandera un estandarte negro con una cruz roja semejante a la que usan los Canónigos en las ceremonias de la Seña, con la inscripción "Inmunidad eclesiástica". Don Manuel Terán fue el auxiliar de Matamoros en Izúcar, y con él consiguió hacer unos regulares y bien montados cañones. Acabada de organizar la división de este jefe se presentó en Tehuacán, donde Morelos lo nombró su segundo, y lo hizo salir para Oaxaca, cuya plaza iba a ser atacada. Tomó a su cargo el ataque del fortín del Marquesado, que Terán derribó al segundo tiro, y entró a la ciudad, mientras Galeana entraba por otro rumbo y se dirigía a Santo Domingo; en el Carmen se encontró Matamoros con la resistencia que le hacían los religiosos españoles; fácilmente los venció e hizo prisionero al Comandante Régules, que se había escondido en un sepulcro.

Realizado este hecho de armas, donde culminó la fortuna de Morelos, Matamoros se situó en Yanhuitlán en observación de las Mixtecas en enero de 1813, pero habiendo enviado tropas a Oaxaca el Capitán General de Guatemala, salió don Mariano contra ellas (abril) y las alcanzó en Tonalá el 19 de ese mes; la derrota que sufrió Dambrini fue completa y se vio perseguido hasta más allá de la línea divisoria. El 28 de mayo hizo Matamoros su entrada triunfal en Oaxaca, vestido con el uniforme de Mariscal de campo y siendo objeto de calurosas felicitaciones: como premio de su victoria recibió el grado de Teniente General, lo que fue materia de rivalidades y celos entre los demás jefes. Vuelto a Yanhuitlán se ocupó activamente en disciplinar a sus soldados, proveerse de pólvora y municiones, fabricar cañones y arreglar las milicias de la provincia, pues era incansable y activísimo y siempre estaba ocupado en hacer algo útil y en hacer que los demás también lo hicieran; como su jefe Morelos, atendía a todo, por insignificante que pareciese.

No veía, según parece, con muy buenos ojos, a don Nicolás Bravo, y, sin embargo, corrió en su auxilio, como lo vamos a ver. Comprendiendo que la ociosidad es un mal para el soldado, discurrió de acuerdo con Morelos una nueva expedición a Izúcar, y el 16 de agosto salió para ella, pero al llegar a Tehuicingo supo que Bravo estaba sitiado en Coscomatepec y necesitado de auxilio; con rapidez reunió las diversas partidas que había más cerca y tomó el rumbo de Chalchicomula, pero en el camino recibió la noticia de que el sitio había sido roto y que Bravo estaba en salvo: al mismo tiempo supo que la tropa realista se disponía a pasar un convoy que estaba detenido por causa de las operaciones del sitio, que exigían muchos soldados; determinó atacar a ese convoy, que iba al mando del Teniente Coronel don Manuel Martínez y del Comandante Cándado. En la hacienda de San Francisco dispuso el plan de ataque el 13 de octubre, y ordenó a diversos jefes que salieran en observación del enemigo, en tanto que Zavala empezaba a hostilizarlo. Al día siguiente fue el ataque entre San Agustín del Palmar y Quechula, y tan empeñado estuvo, que llegaron a la bayoneta los contrincantes; Cándano formado en cuadro caminó dos leguas, pero a metrallazos fue desorganizado casi a las puertas de Quechula; Morán, que iba a la vanguardia consiguió salvar parte del tabaco, pero todo lo demás se perdió, y los soldados, todos españoles, del Batallón de Asturias, no tuvieron otro recurso que tirar las armas y rendirse al grito de "Viva la América" y fueron hechos prisioneros: los realistas perdieron 215 muertos, 368 prisioneros, entre ellos muchos oficiales, y 521 fusiles, sin contar el convoy. Los prisioneros fueron conducidos a San Andrés y sólo Cándano y un oficial mexicano fueron fusilados; Matamoros celebró con salvas y repiques su victoria, y envió los prisioneros a Acapulco. Aquella victoria se hizo notable por ser la primera vez en que combatiendo de una parte puras tropas españolas y de la otra mexicanas, quedaron derrotadas las primeras, que ya, por cierto, habían sufrido gran quebranto en el sitio de Coscomatepec; el Virrey llegó a preocuparse tanto por el suceso, que hasta pensó en el primer momento salir a ponerse al frente del ejército; Castro Terreño, Gobernador de Puebla, que ordenó la salida del convoy, fue depuesto; Martínez estuvo procesado y salió condenado a ser dado de baja por incapaz, y Aguila también fue sumariado. El nombre de Matamoros se hizo muy conocido en toda la Colonia y los afectos a la Independencia cifraron en él grandes esperanzas.

No permaneció mucho tiempo ya en el Oriente, pues llamado por Morelos volvió al Sur y se situó en Tepecoacuilco, de donde marchó a Tlalchapa, y ya unido al resto del ejército se dirigió a Valladolid; derrotados allí, se retiraron a Zatzio y a Puruarán, donde don Mariano, por instrucciones de Morelos, dio la famosa batalla de Puruarán, en la que se eclipsaron todas sus glorias y él perdió la libertad al buscar paso por el río, pues el puente había sido ocupado por los realistas. Los prisioneros hechos fueron fusilados en el mismo campo de batalla, y sólo Matamoros fue conducido a Valladolid, engrillado, y sobre una mula aparejada, en Pátzcuaro se le puso a la expectación pública, y durante el camino no se le trató nada bien; por último, llegado a Valladolid fue fusilado, sin formársele gran proceso, el 3 de febrero de 1814, en el portal que hoy lleva su nombre y donde se lee una inscripción alusiva: Morelos escribió al Virrey proponiéndole el canje de Matamoros por doscientos prisioneros de los Cuerpos expedicionarios que tenía en la costa, pero esta proposición llegó tarde, y aunque hubiera llegado oportunamente, no habría sido aceptada, pues el Gobierno español conocía toda la importancia de su prisionero