Al estallar la Revolución redactó el Plan de Texcoco, documento que tenía como objetivo general unificar a los distintos frentes que se levantaron en el país. Este intento de rebelión le costó a Molina un periodo de prisión que se prolongó hasta marzo de 1912. Al salir de la cárcel se reincorporó a sus labores en el Museo Nacional y a su cátedra de etnología; en 1916 fue nombrado jefe del Departamento de Etnología en el Museo Nacional; ese mismo año también fue representante de la Secretaría de Hacienda, y además fue nombrado jefe de la Dirección de Bosques de la Secretaría de Fomento, abogado consultor de la Dirección de Aguas, así como representante y abogado consultor de la Comisión Nacional Agraria. En 1917 laboró como abogado consultor del Banco de Guanajuato de la Secretaría de Hacienda.

Cuando el Congreso Constituyente se reunió en Querétaro, el ingeniero Pastor Rouaix, diputado de ese Congreso, encargó a Molina Enríquez formular el Artículo 27 constitucional. La introducción que Molina Enríquez realizó para dicho artículo se publicó en el boletín de la Secretaría de Gobernación de México, en septiembre de 1922.

Al finalizar 1917, fue secretario de Gobierno y asesor del Congreso Constituyente del Estado de México. De 1919 a 1920 fue abogado de la caja de préstamos para la irrigación de la Secretaría de Hacienda. De 1920 a 1929 se hizo cargo del Departamento de Compilación de Leyes de la Suprema Corte de Justicia. En ese mismo lapso publicó La clasificación de las ciencias fundamentales, obra en la que resumió sus conocimientos y opinión sobre la teoría positivista de la ciencia. De 1927 a 1937 dio cátedra de historia a profesores de secundaria. En 1932 publicó su obra La gran revolución agraria de México, cuyo quinto y último tomo apareció en 1936. De 1933 a 1936 fue integrante de la Comisión Consultiva del Departamento de Población de la Secretaría de Agricultura. En el Estado de México, ocupó el cargo de magistrado del Tribunal Superior, en el que permaneció hasta su último día de vida.