El Órgano Interno de Control, es un área de asesoría a la función directiva en la Secretaría de Educación y Entidades del mismo Sector, en el desarrollo de los procesos de auditoría interna, control y evaluación de la gestión pública, atención y trámites de quejas y denuncias interpuestas contra servidores públicos, así como para la organización y coordinación del desarrollo administrativo integral. Depende jerárquica y funcionalmente de la Contraloría General; institución que se auxilia de esta Contraloría Interna en sus funciones de control y evaluación del ejercicio de los recursos públicos, del desempeño gubernamental y del desarrollo y modernización de la Administración Educativa Estatal. Es responsable de instrumentar y aplicar los sistemas de auditoría interna, control y evaluación de la gestión gubernamental; así como de promover el desarrollo administrativo integral y verificar el estricto apego a las normas, objetivos, políticas y lineamientos en la Dependencia y Entidades Educativas.
