Esta área es la responsable de programar, coordinar y ejecutar las auditorías y actividades de supervisión contempladas dentro del Programa General de Trabajo, asimismo de vigilar que la aplicación de los recursos públicos se realicen con apego a las disposiciones jurídico-normativas; de identificar inconsistencias en el ejercicio de los recursos y cuando sea el caso; de emitir las observaciones necesarias a la Dependencia o Entidad revisada; así como dar seguimiento a la solventación de las mismas. Esto con el propósito de determinar el grado de economía, eficiencia y eficacia con el que se están alcanzando las metas y objetivos del Sector Educativo.
Este departamento realiza auditorías de tipo: Integrales, Específicas, de Seguimiento y a la Obra Pública.
Las auditorías son programadas cada año de acuerdo a los antecedentes y análisis que permiten identificar los factores clave de debilidades y las áreas de oportunidad de la Dependencia y Entidades, las cuales se someten a autorización de la Contraloría General.
Por cada auditoría que se practica se elabora un informe sobre el resultado de la misma, de conformidad con las Normas de Auditoría y lo que dicte la Contraloría General; estos informes se dan a conocer al titular de la Dependencia o Entidad auditada para que implemente las medidas tendientes a mejorar su gestión y el control interno así como corregir las desviaciones y deficiencias que se hubieran encontrado.