Al estallar la Revolución redactó el Plan de Texcoco,
documento que tenía como objetivo general unificar a los distintos
frentes que se levantaron en el país. Este intento de rebelión
le costó a Molina un periodo de prisión que se prolongó hasta
marzo de 1912. Al salir de la cárcel se reincorporó a
sus labores en el Museo Nacional y a su cátedra de etnología;
en 1916 fue nombrado jefe del Departamento de Etnología en el
Museo Nacional; ese mismo año también fue representante
de la Secretaría de Hacienda, y además fue nombrado jefe
de la Dirección de Bosques de la Secretaría de Fomento,
abogado consultor de la Dirección de Aguas, así como
representante y abogado consultor de la Comisión Nacional Agraria.
En 1917 laboró como abogado consultor del Banco de Guanajuato
de la Secretaría de Hacienda.
Cuando el Congreso Constituyente se reunió en Querétaro,
el ingeniero Pastor Rouaix, diputado de ese Congreso, encargó a
Molina Enríquez formular el Artículo 27 constitucional.
La introducción que Molina Enríquez realizó para
dicho artículo se publicó en el boletín de la
Secretaría de Gobernación de México, en septiembre
de 1922.
Al finalizar 1917, fue secretario de Gobierno y asesor del Congreso
Constituyente del Estado de México. De 1919 a 1920 fue abogado
de la caja de préstamos para la irrigación de la Secretaría
de Hacienda. De 1920 a 1929 se hizo cargo del Departamento de Compilación
de Leyes de la Suprema Corte de Justicia. En ese mismo lapso publicó La
clasificación de las ciencias fundamentales, obra en la que
resumió sus conocimientos y opinión sobre la teoría
positivista de la ciencia. De 1927 a 1937 dio cátedra de historia
a profesores de secundaria. En 1932 publicó su obra La gran
revolución agraria de México, cuyo quinto y último
tomo apareció en 1936. De 1933 a 1936 fue integrante de la Comisión
Consultiva del Departamento de Población de la Secretaría
de Agricultura. En el Estado de México, ocupó el cargo
de magistrado del Tribunal Superior, en el que permaneció hasta
su último día de vida.