Nació en Santa María de la Concepción Atoyac,
hoy estado de Guerrero. Hizo su primaria en la ciudad de México
y a los 17 años regresa a su pueblo natal para recibir una considerable
fortuna de una herencia. En 1810 inicia su carrera militar al lado
de José Ma. Morelos y lucha incansablemente hasta la consumación
de la independencia.
En el nuevo gobierno, Juan Alvarez se declara a favor de la república
federalista y liberal, por ello se afilió a Vicente Guerrero
y Bustamante para combatir a Iturbide.
Más tarde, en 1831, intentó salvar a Guerrero de la traición
de Picaluga, preparada por Bustamante. El General Alvarez combate el
centralismo, su fama fue en ascenso y tenía gran influencia
en la región de Michoacán, Guerrero, el sur de México,
Morelos y Oaxaca.
El 27 de octubre de 1849, al declararse Estado de la Federación
el sur de México, bajo el nombre de Guerrero, Juan Alvarez es
nombrado Gobernador interino y ratificado más tarde por medio
de elecciones en 1850. En 1854 proclama el Plan de Ayutla para terminar
con la dictadura de Santa Anna. Después del triunfo de dicho
plan, Alvarez es nombrado Presidente de la República, el 4 de
octubre de 1855 y renuncia al cargo un año más tarde,
el 15 de septiembre de 1856.
Juan Alvarez defendió los derechos de los campesinos. Desde
1835 lanzó un manifiesto en el que exponía sus ideas
al respecto. Escribió un libro sobre el tema y otro donde analiza
la condición del peón en los estados de Morelos y Guerrero.
Murió en su hacienda "La Providencia", en Guerrero
y el 25 de diciembre de 1922 sus restos fueron trasladados a la Rotonda
de los Hombres Ilustres en la ciudad de México.